Er befindet sich am norden der Ostslowakei, 40 Km nördlich von dem Badeort Vysne Ruzbachy entfernt, im Gebirge Spisska Magura und teilweise bildet er die Grenze mit Polen.
Pieniny ist der kleinste slowakische Nationalpark, das Schutzgebiet hat eine Oberfläche von 22.300 Ha. Er erstreckt sich in den Landkreisen Kezmarok und Stara Lubovna. Unter dem Massiv Die Drei Kronen (Tri Koruny) fließt der Fluss Dunajec durch ein schmales Bruch-Tal aus Kalkgestein 8,5 Km lang. Das eigene Bruch-Tal des Flusses Dunajec gehört zu den grössten Naturerscheinungen von Pieninsky Naturpark. Im Jahre 1967 wurde es zu einem Staatlichen Naturschutzgebiet erklärt. In dem Fluss leben 20 Fischgattungen inklusive der Forelle und des Schills.
Eine Attraktion dieses Gebiets ist das Herabflößen auf hölzernen Flößen durch die grösste Schlucht in Mitteleuropa - Schlucht des Flusses Dunajec – aus der Anlegestelle der Flößern Majere - Kvasne Luky bis nach Lesnica in einer Länge von 11 Km, und aus der Anlegestelle der Flößern Rotes Kloster (Cerveny Klastor) bis nach Lesnica in einer Länge von 9 Km, je nach Erfordernissen. Der Rücktransfer ist durch Pendelverkehr, Taxi-Dienst, Fahrrädern oder zu Fuß entlang den markierten Fußwegen gesichert. Direkt in der Gemeinde Cerveny Klastor (Rotes Kloster) befindet sich das nationale Kulturdenkmal aus dem 14. Jahrhundert - ein Katräuser-Kamaldut-Kloster. Dieses Kloster hat der Mönch Cyprian, der sich mit der Pflanzung von Heilpflanzen beschäftigt hatte, weltberühmt gemacht. Er hat ein umfassendes Herbarium, welches ein Teil des Ethnographischen Museums im Objekt des Klosters ist, zusammengestellt.